Thực hiện Nghị quyết số 22/2003/QH11, ngày 26/11/2003 của Quốc Hội về việc chia tỉnh Cần Thơ thành thành phố Cần Thơ trực thuộc Trung ương và tỉnh Hậu Giang. Cùng với sự kiện này, Sở Tài chính tỉnh Hậu Giang chính thức thành lập theo Quyết định số 04/2004/QĐ-UB, ngày 01/01/2004 của Ủy ban nhân dân tỉnh Hậu Giang.
Khi mới chia tách, Hậu Giang có 6 đơn vị hành chính là thị xã Vị Thanh, huyện Châu Thành, Châu Thành A, Phụng Hiệp, Long Mỹ và Vị Thủy. Tỉnh lỵ đặt tại trung tâm thị xã Vị Thanh. Cuối tháng 8/2005 Chính phủ ban hành Nghị định số 98/2005/NĐ-CP về việc chia tách huyện Phụng Hiệp thành 2 đơn vị hành chính: Huyện Phụng Hiệp và thị xã Tân Hiệp (nay là thị xã Ngã Bảy). Đồng thời, Ủy ban Thường vụ Quốc hội ban hành Nghị quyết số 933/NQ-UBTVQH13, ngày 15/5/2015 về chia tách huyện Long Mỹ thành 2 đơn vị hành chính: Huyện Long Mỹ và thị xã Long Mỹ. Đến nay tỉnh Hậu Giang có 08 đơn vị hành chính (01 thành phố, 02 thị xã, và 05 huyện): thành phố Vị Thanh, Thị xã Ngã Bảy, thị xã Long Mỹ, và các huyện: Phụng Hiệp, Long Mỹ, Vị Thủy, Châu Thành, Châu Thành A.
Sở Tài chính là cơ quan chuyên môn thuộc Ủy ban nhân dân tỉnh, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Ủy ban nhân dân tỉnh quản lý nhà nước về tài chính; ngân sách nhà nước; thuế, phí, lệ phí và thu khác của ngân sách nhà nước; tài sản nhà nước; các quỹ tài chính nhà nước; đầu tư tài chính; tài chínhdoanh nghiệp; kế toán; kiểm toán độc lập; lĩnh vực giá và các hoạt động dịch vụ tài chính tại địa phương theo quy định của pháp luật.
Những ngày đầu mới thành lập, Sở Tài chính có trụ sở tạm tại khu Hành chính 406 khu vực 3, phường V, thành phố Vị Thanh và chỉ có 19 cán bộ công chức, chủ yếu điều động từ Sở Tài chính – Vật giá Cần thơ về Sở Tài chính Hậu Giang, gồm Ban Giám đốc và 06 Phòng nghiệp vụ (Văn phòng, Thanh tra, Phòng Quản lý Ngân sách, Phòng Quản lý Vật giá và công sản, Phòng Đầu tư và Phòng Tài chính – Doanh nhiệp).
Quá trình thành lập và phát triển, đến tháng 01/ 2011 Sở Tài chính được dời về trụ sở mới xây dựng khang trang hơn, nằm trong Khu hành chính UBND tỉnh, địa chỉ số 01 đường Hòa Bình, phường V, thành phố Vị Thanh. Nhằm đáp ứng nhu cầu công việc ngày càng cao, công tác bố trí, điều động và kiện toàn bộ máy tổ chức ngày càng được nâng lên rõ rệt, công tác đào tạo và sắp xếp bố trí cán bộ phù hợp với năng lực sở trường ngày càng được củng cố, từng bước chuẩn hóa đội ngũ cán bộ đáp ứng yêu cầu công tác được giao. Sở Tài chính có 08 phòng và đơn vị sự nghiệp trực thuộc, gồm: Văn phòng, Thanh tra, Phòng Quản lý ngân sách, Phòng Tài chính Đầu tư,Phòng Quản lý giá và công sản, Phòng Tài chính Doanh nghiệp, Phòng Tài chính Hành chính sự nghiệp, Phòng Tin học và Thống kê và Trung tâm Tin học và Dịch vụ tài chính công. Có 71 cán bộ, công chức, viên chức và người lao động (trong đó: công chức hành chính là 58; công chức sự nghiệp 01; viên chức 06; Hợp đồng NĐ 68 là 02; hợp đồng dài hạn là 06 người). Về trình độ chuyên môn Đại học 65; Cơ cấu ngạch công chức (Chuyên viên cao cấp: 01; Chuyên viên chính 03; Chuyên viên 56; ngạch khác: 12); Về trình độ chính trị (Cao cấp: 9, Trung cấp: 4; Sơ cấp: 02).
Hơn 13 năm qua, dưới sự lãnh đạo, chỉ đạo trực tiếp của Tỉnh ủy, HĐND, UBND tỉnh, của Chính phủ, Bộ Tài chính; sự phối hợp đồng bộ chặt chẽ của các cấp, các ngành và tinh thần ủng hộ của các thành phần kinh tế, các tầng lớp nhân dân…Sở Tài chính Hậu Giang đã từng bước và khẳng định nâng cao vị thế, từ một nguồn cán bộ quản lý tài chính non trẻ, đến nay đã có nhiều cán bộ được qua đào tạo cơ bản về chuyên ngành và có nhiều kinh nghiệm trong công tác quản lý về tài chính; không ngừng nỗ lực vượt qua khó khăn, thử thách, đoàn kết phấn đấu vươn lên, năng động, sáng tạo hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao, đóng góp tích cực vào những thành tựu to lớn và toàn diện trên tất cả các lĩnh vực trong thời kỳ thành lập tỉnh đến nay.
Sở Tài chính luôn thực hiện tốt chức năng, nhiệm vụ và thực hiện hiệu quả khai thác các nguồn lực tài chính của địa phương để phục vụ nhiệm vụ chính trị phát triển kinh tế - xã hội, đảm bảo an sinh xã hội, nâng cao chất lượng đời sống của nhân dân. Trong đó, thành tích nổi bật là việc triển khai thực hiện quyết liệt và hiệu quả nhiệm vụ thu ngân sách Nhà nước với tốc độ tăng thu cao qua các năm, năm 2017 đạt 2.890 tỷ đồng/2.770 tỷ đồng, tăng 14,9 lần so với năm 2004, tốc độ tăng thu bình quân 23%/năm; tham mưu cho tỉnh thực hiện tốt việc phân bổ và sử dụng có hiệu quả các nguồn lực tài chính; tăng dần tỷ lệ chi cho đầu tư phát triển nhất là xây dựng nông thôn mới, chú trọng sự nghiệp giáo dục, y tế, khoa học, công nghệ và môi trường, đảm bảo an sinh xã hội; thực hiện nghiêm các cơ chế, chính sách, các quy định của Trung ương và địa phương, bảo đảm hoạt động tài chính hiệu quả, đúng pháp luật.
Với những thành tích đạt được trong 13 năm qua, Sở Tài chính Hậu Giang đã được Đảng, Nhà nước ghi nhận và trao tặng Huân chương lao động hạng III (2013) và được Bộ Tài chính, Tỉnh ủy, Ủy ban nhân dân tỉnh tặng cờ thi đua và nhiều bằng khen cho tập thể và cá nhân hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ được giao. Đặt biệt, giai đoạn 2004 – 2013 Chi bộ, Đảng bộ Sở Tài chính tỉnh Hậu Giang đều được công nhận “Trong sạch vững mạnh” và “Trong sạch vững mạnh tiêu biểu”; Tổ chức Công đoàn cơ sở đạt Vững mạnh xuất sắc và Đoàn Thanh niên đạt “Vững mạnh xuất sắc” và “Vững mạnh xuất sắc tiêu biểu” nhiều năm liền.
